藏医藏药历史悠久。早在远古时代，生活在西藏高原的居民在同大自然作斗争中逐步认识到了一些植物的性能及其用于治疗的经验；在狩猎过程中，又逐渐知道了一些动物的药理作用。相传在公元前三世纪，就有了“有毒就有药”的说法。据《玉妥.云登贡布传》记载，西藏最早流行的一种医学叫《本医》，当时还没有系统的理论，主要靠三种疗法，即放血法、火疗法、涂摩疗法来治病。同时，还用酥油止血，用青稞酒治疗外伤等等原始简单的办法。

公元四世纪，天竺的著名医学家碧棋嘎齐和碧拉孜入藏，传播了《脉经》、《药物经》、《治伤经》等五部医典，对《本医》的发展起了积极的作用。公元六世纪以来，从内地传来了医学和天文历算；七世纪，文成公主入藏，带来了“四百零四种病方，五种诊断法，六种医疗器械”以及四种医学论著如《门介钦莫》（即《医学大全》）等。八世纪，金城公主入藏时又带来了许多医药人员和医学论著，并把其中一些著作译成了藏文，如《索玛拉扎》（即《月王药珍》）等等。

赤松德赞时期，藏医有了很大发展，出现了九大著名医学家，即玉妥.云登贡布、碧棋列贡、吾巴曲桑、齐齐谢布、米娘绒吉、昌提杰桑、聂巴曲桑、冬门塔杰和塔西塔布。其中玉妥.云登贡布最为有名。

玉妥.云登贡布（708~835年）是吐蕃王朝时期最杰出的医学家，曾担任过赞普的御医，是藏医学理论体系的奠基人。他走遍西藏各地，广泛搜集和研究民间医方，总结民间医药经验，还多次赴内地五台山以及印度、尼泊尔等地，拜中外名医为师，曾邀请著名中医学家东松（即韩文海）、印度医学家新提嘎瓦、尼泊尔医学家达玛锡拉、克什米尔医学家库雅巴等来藏研讨学术。他结合中外医学成果，编著了三十多部医学论著从而形成了藏医的一整套体系。

藏医把人体的生理功能概括为“隆”（指气、风）、“赤巴”（指火）、“培根”（指粘液）三大因素。

“隆”在人体中的功能是维持生命、气血运行、肢体的活动和分解食物等等。“隆”基本分为五种；即：“持命隆”、“下泄隆”、“上行隆”、“平住隆”和“通行隆”

“赤巴”就是胆汁，在人体内的功能是产生和调节体温、保持气色，生智慧、助消化等等。“赤巴”基本分为五种，即，消化赤巴、容光赤巴、行动赤巴、视力赤巴和增色赤巴。

“培根”即诞液，在人体内的功能是供营养、长脂肪、调皮肤、正常睡眠等。“培根”也基本分为五种，即：根基培根、研磨培根、尝味培根、餍足培根和粘合培根。

藏医认为，以上三种因素的机能如果在人体内维持了平衡，就出现正常的生理现象。反之，就会产生各种疾病。

 藏医还认为，人体是由七种物质组成的，即：饮食的精微及血、肉、脂、骨、髓、精。人体的五脏六腑，不是孤立的存在物，通过经络与其他器官联系在一起，构成了人体有机的整体，人与自然界有密切关系，各项生理功能随着自然界的变化而受到影响。

藏医的诊断，采用“望、摸、问”的方法，切脉时，同样以“寸、关、尺”配属五脏六腑，而且十分重视“尿诊”。

治疗时，除使用植物、动物、矿物等药物外，还配以穿刺、放血等疗法。

胚胎学是藏医学的重要组成部分。早在公元七世纪，藏医就开始了对胚胎学的研究，并初步记述了人体的胚胎发育，《四部医典》中详细记述了胚胎发育的整个过程。《五部遗教》之一的《洛本嘎唐》中也记载：“胚胎首先要经历鱼期，其次要经历龟期和猪期”。藏医对人体发育的研究，在许多方面要早于外国学者。